Depozīta sistēmu finansē trīs galvenie ieņēmumu avoti - ieņēmumi par savākto un pārstrādei nodoto materiālu, depozīta maksa par tiem iepakojumiem, kurus patērētāji nav atdevuši atpakaļ sistēmā, un dzērienu ražotāju maksājumi par dalību depozīta sistēmā.
Depozīta sistēma darbojas pēc bezpeļņas principa, un atbilstoši Iepakojuma likuma 18.12 pantam depozīta sistēmas operators peļņu, ko tas gūst, pildot šajā likumā minētos uzdevumus, reinvestē depozīta sistēmas attīstības un darbības efektivitātes nodrošināšanā.
Neviena iesaistītā puse nevar izņemt peļņu un gūtā peļņa tiek atkārtoti ieguldīta depozīta sistēmas attīstībā un darbības nodrošināšanā, piemēram, nodrošinot aprīkojuma un iekārtu iegādi depozīta sistēmas operatora šķirošanas centram, kā arī investēta taromātu tīkla paplašināšanā.
Savukārt lielākā izmaksu pozīcija depozīta sistēmā ir apsaimniekošanas maksa, kas tiek maksāta tirgotājiem par depozīta iepakojuma pieņemšanu, pieņemšanas automātu nomas maksa un atgrieztā depozīta iepakojuma loģistikas pakalpojumu izmaksas.
Šī finansēšanas struktūra ļauj depozīta sistēmai darboties ilgtspējīgi, nodrošinot efektīvu atkritumu apsaimniekošanu un nodrošinot sabiedrību ar uzlabotām pakalpojumu kvalitātes un efektivitātes iespējām.
Depozīta sistēmas pirmajā (2022.g.) gadā lielākā daļa ieņēmumu tika gūti no depozīta maksas par sistēmā neatgriezto iepakojumu. Ražotāju un importētāju dalības maksas sistēmas darbības pirmajā gadā bija salīdzinoši nelielas. Daļa 2022. gada gūtās peļņas sedz depozīta sistēmas ieviešanas izmaksas 2021. gadā, kad operatoram nebija ieņēmumu, bet bija tikai izdevumi.
Depozīta sistēmas operatora tarifus pārrauga Sabiedrisko pakalpojumu regulēšanas komisija.